La Semilla del Istmo nos cuenta la historia de un joven llamado Chico (Francisco Gómez), quien regresa a San Blas Atempa (Oaxaca), su pueblo natal, y se encuentra con una problemática social de injusticia hacia los campesinos, de explotación de recursos naturales y de la imposición de los parques eólicos. Además se encuentra con uno de los dramas más recurrentes en la historia contemporánea de este
país, la desaparición o asesinato de los líderes sociales. Chico regresa y se encuentra con el asesinato de su único tío, un líder social reconocido en la zona, a manos de un cacique a quien su liderazgo le estorbaba para seguir explotando y despojando los campesinos de sus tierras. Frente a este panorama, Chico decide hacer justicia a la muerte de su tío y retoma su tarea inconclusa, sin que le importe poner su vida en riesgo.
