Ya es otoño. La lucha de Makoto y su grupo S.E.E.S. contra los extraños monstruos llamados 'Sombras' se acerca al final. Makoto y sus aliados se involucran en batallas de vida o muerte contra las Sombras para poner fin a la Hora Oscura. A través de los combates, algunos deben enfrentar la muerte de amigos y familiares, otros deben darse cuenta de qué cosas preciosas deben protegerse y algunos deben encontrar significado en las batallas que han ocurrido. Frente a Makoto, aparece el misterioso estudiante de intercambio Ryoji Mochizuki. Cuando el grupo recibe un nuevo amanecer, los engranajes del destino comienzan a girar. Comienza una lucha que gira en torno a cada uno de los vínculos que unen a nuestros héroes...
