El joven Ayato Kamina ha despertado en una nueva realidad en la que la raza humana lleva quince años librando una desesperada batalla contra unas misteriosas fuerzas invasoras. Ahora, la única oportunidad de supervivencia de la humanidad pasa por descubrir todos los secretos de un gigantesco robot que sólo él puede controlar, el arma definitiva conocida como RahXephon....
